Команда была создана в августе 2017 года как часть системы БК «Зенит», выступающего в Единой Лиге ВТБ
В первые два сезона она носила название «Зенит-Фарм» и выступала в Суперлиге-1. Перед началом сезона 2019/20 команду переименовали в «Зенит-2» и заявили её в Суперлигу-2. Обновленный коллектив укомплектовался из молодых игроков, которые по регламенту имели право выступать в Единой молодежной лиге ВТБ, и баскетболистов, которые при необходимости могли быть задействованы в основной команде «Зенита». По итогам того досрочно завершенного сезона «Зенит-2» занял восьмое место, а впоследствии был временно расформирован. На российском небосклоне команда появилась вновь в 2022 году и с тех пор выступает в Суперлиге.
В прошлом сезоне, как и годом ранее, «Зенит-2» финишировал четвертым. Питерцы одержали 20 побед в 30 играх «регулярки». В четвертьфинале в пяти встречах был повержен «Новосибирск», в 1/2 в пятиматчевой серии «Зенит-2» уступил будущему Чемпиону из Ревды, а далее в трёх играх за третье место — «Химкам». Самыми результативными в сезоне стали Павел Земский (17,0 очков в среднем за матч), Игорь Вольхин (16,3), Даниил Аксенов (15,4) и Егор Рыжов (15,3). Лучшие на подборах — те же Земский (8,8) и Рыжов (8,3). Главный ассистент команды — Аксенов (5,0).
Уже второй сезон питерскую дружину возглавляет 55-летний сербский специалист Оливер Попович. В качестве игрока он успешно выступал за различные клубы, включая югославские, российские (ростовский «Локомотив» и «УНИКС») и греческий (БК «Марусси»). Тренерскую карьеру начал на родине, а в «Зенит-2» перешел из молодежной команды Казани. По сравнению с прошлым сезоном заявка коллектива Поповича изменилась наполовину.
FONBET Чемпионат 2025/26 питерцы начали во Владивостоке, где уступили местному «Динамо» (83:91). Далее последовало домашнее поражение от «Химок» (60:67) и успехи во встречах с ростовским «БАРС-РГЭУ» (96:85) на родной площадке и сургутской «Югрой» в гостях (91:84). Лучшие по статистике: очки – Иван Прокопенко (17,8), подборы – Владислав Самухин и Ильяс Абдул (по 6,5), ассисты - Даниил Гинько (6,5).
